Делал исключительно для удобства работы, у меня сейчас в схеме более 100 объектов, многие накладываются друг на друга. Я их поделил на слои, на каждый слой сделал фон (трафарет) и расставил объекты по трафарету. В итоге объекты на исходных слоях не перекрывают друг друга, и если понадобятся изменения, будет проще их сделать.
Так же слои можно использовать если на нескольких схемах требуется вывод что-то типа меню или панели состояний одинаковой для всех схем.