Мастер берёт устройства из базы конфигурации, а не из настроек Коммуникатора.
Чтобы линии связи и устройства, появлялись сразу в Коммуникаторе и в базе, используйте мастеры для их создания.
Сейчас кликнете правой кнопкой мыши на линии связи в проводнике и синхронизируйте настройки Коммуникатора и базу конфигурации. Из Коммуникатора в базу.