Не совсем понимаю, почему возникает эта проблема — все dll находятся в одной директории, версии совпадают. Может, надо как то указать абсолютный путь к dll? Или ScadaServer не может обращаться к чужому пространству имен?
По моему в папку ScadaServer нужно класть сторонние библиотеки, а не в Mod. Не помню точно, проект на работе. Но никаких проблем не возникало и с КП и с модулями.