Вопрос можно разделить не несколько:
1. Доступ к веб-приложению по HTTPs. Вопрос решается настройками веб-сервера и приобретением сертификата у провайдера.
2. Изменение протокола обмена между Сервером и остальными приложениями. Нужно это делать, но когда именно, пока трудно сказать.
3. Безопасный опрос устройств. Для каждой системы вопрос решается индивидуально. Один из хороших вариантов — использование VPN, чтобы все устройства были в одной виртуальной сети.