1. Создайте у себя на диске папку, в которой будут лежать репозитории. Например, C:\GIT
2. Создайте на GitHub репозиторий, который Вам нравится.
3. С помощью программы GitHub Desktop клонируйте репозиторий внутрь папки. Получится, например, C:\GIT\rapidscada\scada-community
Где подпапки соответстуют пути https://github.com/RapidScada/scada-community
scada-community — это сам репозиторий
4. Скопируйте Ваш проект внутрь репозитория в нужную папку. Мне удобнее в одном репозитории работать со множеством проектов.
5. Закиньте изменения на GitHub с помощью GitHub Desktop
6. Открывайте и редактируйте проект в VS напрямую из C:\GIT