не рассматривался ли вариант реализации возможности инсталляции с несколькими экземплярами WEB станции?
Это совершенно нормальная ситуация. Например, 1-е веб-приложение для внутренней сети, а 2-е для общего интернета с ограничениями.
Веб-сайты нужны на одном компьютере или на разных?