Да, 2003 сервер немного устарел )
Вы правильно сделали, что воспользовались инструкцией по ручной установке.
Нужно покопаться в настройках веб приложения в консоле управления IIS, чтобы настроить виртуальную директорию на http://localhost/Scada
У меня, к сожалению, нет установленного Windows server 2003 r2, поэтому более точно не могу сказать.
Ещё как вариант подключиться к Вам удалённо и настроить — это платная услуга.
Ещё вариант — разместить файлы веб-приложения в C:\inetpub\wwwroot\Scada — так делали в предыдущих версиях Rapid SCADA.
Либо использовать более свежую версию ОС.