Добрый день!
Сервер и Коммуникатор (если стоят галочки их перезапуска) перезапускаются только в том случае, если передаются настройки, которые на них влияют. А именно База конфигурации и сами настройки Сервера/Коммуникатора.
Например, если передавать только настройки веб-приложения или интерфейс, то Сервер и Коммуникатор перезапускаться не будут.
Если рестарт Коммуникатора слишком долгий, то удобно убрать галочку его перезапуска. При этом если Вы изменили номера входных каналов, то для их корректной привязки к тегам КП потребуется перезапустить соответствующую линию связи.
Могу пояснить на конкретном примере, который Вас интересует.