однако web обычно не пихают в /usr/bin так что, все распихивать по назначениям как предусмотрено в Linux ?
в bin обычно бинарники кладутся. Mono интерпритатор, так что нефик scada пихать туда, учитывая что там не только dll но и базы данных и прочее. Базы так же имеют свойства расти…
Нынешняя система вполне пригодна к работоспособности откуда угодно.
з.ы. единственное походу mono не понимает записи вида ~/scada обязательно полный путь необходимо писать.