Посмотрите по F12 на закладке Elements, какие файлы css подгружаются на той странице, которая Вам нужна.
Вероятно, это будет mastermain.min.css
Но работать с минифицированным файлом неудобно. Поэтому Вы можете переименовать mastermain.css в mastermain.min.css и менять в нём.
Однако после обновления веб-приложения нужно будет восстанавливать измененные стили.
А в каком файле меняется цвет всплывающих диалогов, например квитирования? Решил сделать интерфейс в темном стиле, не найду как фон диалогов сменить с белого на черный.
Если Вы хотите глобально поменять цвета, то найдите все *.less файлы в ScadaWeb. В начале этих файлов цвета присутствуют в виде переменных. После изменения less, их надо скомпилировать в css. Для этого в VS есть специальное расширение WebCompiler.