Добрый день!
Общая идея — сделать программу для Windows вместо Администратора, которая будет позволять настраивать множество экземпляров Rapid SCADA. Но по срокам пока не могу порадовать.
На данный момент, Вы можете создать несколько директорий скады на Windows для хранения различных конфигураций, чтобы их не приходилось перезаписывать. После редактирования только копировать их на Линукс. Можно даже настроить, чтобы эти экземпляры работали на Виндоуз независимо друг от друга.
Если Вы опытный пользователь Линукс, то может быть сможете сделать набор скриптов, которые позволят быстро копировать конфигурацию с Линукса на Виндоус для редактирования, а затем обратно? И выложить эти скрипты для всех.