Надо руками править xml файлы настроек.
Имена COM портов согласно Linux, типа /dev/ttyUSB0 и так далее
пути к базам и так далее. Обычно это делается один раз и потом по возможности не трогается при обновлении каких то элементов.
Собственно раньше так и переносили, исправляя руками.
Например dll драйверов все равно и сейчас необходимо скопировать руками, так же модули сервера и другие исполняемые файлы, например плагины Web.