Добрый день. Заведите отдельную тему или найдите похожую. Не надо смешивать вопросы в одну кучу.
Если в двух словах, то коммуникатор 5 версии несовместим с 6 версией сервера.
В шестой версии на сервере, где установлен только коммуникатор, Вам необходимо установить из установочного пакета ещё и ScadaAgent. После этого в основном сервере «Полном» создать ещё один экземпляр, в котором указать, что он будет состоять только из коммуникатора. Далее в настройках связать этот экземпляр. Так у Вас появится визуальная составляющая и сможете выполнять удаленное конфигурирование и перезапуск службы коммуникатора.