1. Номер порта можно любой прописать в настройках Агента. Либо как написали выше, Агент сам может подключаться к основному компьютеру и ожидать конфигурации.
2. Можно проект и руками скопировать, но это неудобно. Базу конфигурации потребуется сконвертировать из формата XML в DAT. Где-то была утилита для этого.
3. Ещё можно запустить Администратор на Linux через Wine (отдельный дистрибутив) и работать локально через удалённое подключение.
4. Можно настроить передачу проекта в БД PostgreSQL. В этом случае без Агента можно попробовать обойтись.
В общем вариантов много, выбирайте наиболее подходящий под Ваши условия.