правила загрузки устройств, скриптов и т.д.
Различные установочные пакеты deb, rpm а где вообще из исходников
В общем куча мелких различий, из-за чего производители ПО либо вообще не писали под Linux либо делали только под определенный дистрибутив.
За много лет это и привело к отставанию от Windows. Потому что дохрена было и есть всяких «BolgenOS».
даже то, что заработает в Debian может не заработать в клонах типа Ubuntu и т.д.