Добрый день!
Вы правильно определили, что проблема с правами на папки. Веб-приложение скорее всего работает не под root. Чтобы это проверить, посмотрите файл ScadaWeb/log/ScadaWeb.log В треугольных скобках указано имя компьютера и пользователь.
Проблема возникает не всегда и обычно решается установкой прав на папки. При этом создавать файлы вручную не приходилось. Возможно, в инструкцию по установке на Linux нужно будет добавить шаги по установке дополнительных прав, если подобные проблемы будут повторяться.